Program Magister Pascasarjana IAIN Madura merupakan program studi yang bernaung di IAIN Madura berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 2346 Tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Magister  di Lingkungan Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri.

Eksistensi Program Studi Magister Hukum Keluarga Islam secara yuridis ditandai dengan terbitnya SK Nomor 2586 Tahun 2017 tertanggal 08 Mei 2017 yang ditandatangani oleh pejabat kementerian agama bapak Prof. Dr. Kamaruddi Amin, M.Fil, saat itu beliau selaku Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia. Untuk lebih menguatkan legal standing Prodi Magister Hukum Keluarga Islam (Ahwal Syakhshiyyah) juga melakukan upaya untuk memperoleh peringkat akreditasi minimal ke BAN-PT. akhirnya terbitlah SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 149/SK/BAN-PT/Min Akred/VII/2018. Dengan SK tersebut berarti  Prodi Magister Hukum Keluarga Islam (Ahwal Syakhshiyyah) berstatus terakreditasi minimal.

Prodi Magister Hukum Keluarga Islam (Ahwal Syakhshiyyah) senantiasa berupaya mengembangkan diri untuk mencapai visi dan misi sebagai prodi yang kompetetif dengan berbagai strategi.